Después del 11 de septiembre de 1973, cuando se abrieron las fronteras de Chile, llegaron funcionarios de organismos internacionales al país. Entre ellos estaban el Comité Internacional de la Cruz Roja (CICR), el Alto Comisionado de las Naciones Unidas para los Refugiados (ACNUR) y el Consejo Mundial de Iglesias (WCC). Al conocer la situación represiva que prevalecía en Chile, estos organismos impulsaron la creación de una entidad de protección para los refugiados y extranjeros asilados y/o residentes.
La responsabilidad de llevar a cabo esta tarea recayó en las iglesias protestantes y evangélicas, las cuales fundaron el Comité de Ayuda a los Refugiados (CONAR). Este comité fue presidido inicialmente por el Obispo de la Iglesia Luterana, Helmut Frenz, y comenzó a operar el 24 de septiembre de 1973. CONAR se convirtió en el primer organismo de asistencia a las víctimas de la dictadura, estableciendo casas de acogida (refugios) para recibir a los afectados.
A principios de 1975, se dio por concluida esta tarea, y en el mes de abril, su Directorio creó FASIC como una institución de carácter ecuménico comprometida en la práctica cotidiana de los Derechos Humanos e inspirada en el compromiso cristiano por la libertad y la dignidad de las personas. FASIC abordó inicialmente la situación de los presos políticos en todo Chile.
La Junta Militar emitió el Decreto Supremo 504-75, que permitía reemplazar la pena de cárcel por el exilio. FASIC desarrolló y ejecutó un programa destinado a la liberación de estos presos, proporcionando asistencia legal y social. Se gestionaron las solicitudes para salir del país ante las autoridades pertinentes, al mismo tiempo que se brindaba apoyo a las personas encarceladas y a sus familias. Más de dos mil presos fueron liberados de esta manera. En 1976, en colaboración con ACNUR, se asumió el Programa de Reunificación Familiar y Refugiados con el propósito de trasladar a las familias de los chilenos refugiados al país de asilo.
Para atender a las personas víctimas de la dictadura, familiares de presos, detenidos desaparecidos y ejecutados, se creó el Programa de Salud Mental y posteriormente, los Talleres de Terapia Ocupacional.
En 1976, se estableció la Oficina de FASIC en Valparaíso para atender las necesidades de asistencia de las personas reprimidas por la dictadura, desde la V Región al norte del país.
Al finalizar la década de los setenta, comenzó el regreso de chilenos exiliados, y se implementó el Programa de Retorno, con el objetivo de apoyar su reintegración social y laboral, a través de la concesión de becas de trabajo, de estudio y financiamiento para proyectos laborales. Un programa similar se implementó para los ex presos políticos.
En 1979, después de meses de trabajo, FASIC en colaboración con Clamor, una organización ecuménica de Brasil, logró ubicar en Chile a dos niños hijos de detenidos desaparecidos uruguayos en Argentina.
En 1992, la Fundación asumió la tarea jurídica de los procesos de los detenidos desaparecidos. La Agrupación de Familiares de Detenidos Desaparecidos fue acogida en la sede de FASIC, ubicada en la calle Manuel Rodríguez 33, desde 1992 hasta 2001. Durante ese período, se llevaron a cabo diversas actividades, como el velatorio de restos de personas detenidas desaparecidas identificadas y el seguimiento del juicio contra Pinochet (1998-2001), con amplia cobertura de prensa nacional e internacional. Además, se entregó a los familiares de desaparecidos el informe elaborado por las FF.AA. a instancias de la Mesa de Diálogo sobre el destino de estas víctimas.
A principios de la década de los noventa, FASIC, al igual que otras instituciones, se comprometió con el nuevo período de transición a la democracia, fortaleciendo las organizaciones de la sociedad civil. Se implementaron programas de intervención social basados en criterios de sustentabilidad y autogestión. Se elaboraron propuestas fundamentadas en los principios establecidos en la Declaración Universal de Derechos Humanos, con el objetivo de superar las condiciones de desigualdad de la población destinataria. Se promovió el trabajo conjunto con organismos nacionales, comunales y locales. Se desarrollaron dos líneas de trabajo: Prevención y Capacitación, orientadas a niños/as, jóvenes, mujeres e integrantes de organizaciones sociales, en temas relacionados con el VIH/SIDA, drogas y violencia, realizando acciones de difusión, sensibilización y formación en el ámbito escolar. A nivel poblacional, se trabajó con organizaciones sociales para promover la participación, vinculación y coordinación en redes.
En el año 2002, los archivos de FASIC fueron inscritos por la UNESCO en el Registro Regional de la Memoria del Mundo. A partir de estos archivos, se colaboró proporcionando información, documentos y antecedentes a las dos Comisiones Nacionales sobre Prisión Política y Tortura (Comisiones Valech 1 y 2). En 1990, se llevó a cabo una labor similar con la Comisión Nacional de Verdad y Reconciliación (Comisión Rettig).
En la actualidad, el trabajo de FASIC se enfoca principalmente en dos líneas de acción: Migraciones y la Conservación del Patrimonio Documental. En convenio con ACNUR, se realiza el Programa de Asistencia y Protección a solicitantes de asilo y refugiados. Además, el Patrimonio documental se resguarda y conserva en el Centro de Documentación y en el Archivo. La organización cuenta con una biblioteca y una hemeroteca especializadas en derechos humanos, así como dos plataformas en línea: uno bibliotecario (OpenBiblio) y otro archivístico (ATOM).
El Consejo de Monumentos Nacionales ha declarado el Archivo de FASIC como Monumento Nacional, en la categoría de Monumento Histórico. Al mismo tiempo se declara que la casa sede, ubicada en Manuel Rodríguez 33, comuna de Santiago, como Monumento Nacional en la categoría de Monumento Histórico. Por estas razones, hoy, nuestra sede se considera Sitio de Memoria.